Добрый день, kas1974!
Для реальных условий 600 Вт, возможно, неплохой результат, зависит от того где и когда Вы делали замеры и как ориентированы панели.
Мощность панелей, в Вашем случае 250 Вт, приводится для так называемых "стандартных условий" - мощность излучения 1000 Вт/м², и определенный состав спектра излучения. Подробнее можно посмотреть, например, здесь: https://forum.solnechnye.ru/viewpost/305/~3/#comment2649.
Для средней полосы России условия близкие к стандартным возможны летом в середине дня и при условии, что солнечное излучение перпендикулярно плоскости панели, сейчас, в сентябре, такие условия вообще невозможны; даже ровно в полдень условия будут хуже.
А почему Вы решили, что на вход контроллера подается 900 Вт? Если Вы умножаете ток КЗ = 15 А на напряжение 60В (30В*2), то это неправильно. Солнечная панель не работает в режиме КЗ.
И да, с полностью заряженным аккумулятором отдаваемая мощность, действительно, должна быть меньше, т.к. контроллер будет ограничивать ток заряда. Для разряженного аккумулятора все будет зависить от условий, которые были на момент измерения.
В каком регионе, в какое время суток Вы производили замеры, и как были ориентированы панели относительно падения солнечных лучей?

kas1974, если Вы хотите узнать мощность на входе в контроллер, то надо измерять не ток короткого замыкания, а напряжение и ток одновременно непосредственно в рабочем состоянии, т.е. когда панели подключены к контроллеру, а контороллер к аккумуляторам. Причем контроллер должен быть сперва подключен к аккумуляторам! Не подключайте панели к контроллеру, если контроллер не подключен к аккумуляторам - контроллер может сгореть! Порядок подключения / отключения должен быть в инструкции.  Амперметр нужно включить в разрыв цепи панели - контроллер. Произведение силы тока на напряжение даст входную мощность. Для МРРТ контроллера это будет произведение значений напряжения и силы тока в точке наибольшей мощности для данных условий.