Добрый день, twin79!
Нет, если настройки действительно были стандартные и контроллер исправен.
Но из вашего сообщения непонятно были ли они стандартные. 
  О каком напряжении речь? Стандартное напряжение повышающего заряда для AGM аккумулятора у контроллеров Tracer A -  14.4 В, напряжение выравнивающего заряда - 14.6 В. Если Вы понизили до 14.6 В, то какое именно напряжение и с какого значения? Возможно, у вас стояли пользовательские значения?
Какое максимальное значение напряжения показывал контроллер во время заряда АКБ от панели?
  Само по себе падение напряжение под нагрузкой и восстановление после снятия нагрузки - это нормально. Другое дело, что нагрузка в 50 Вт небольшая для АКБ 100А*ч и я бы ожидал меньшего падения. Но это трудно оценить и в первую очередь зависит от состояния самого АКБ.

Трудно строить предположения, но, скорее всего, проблема в самом восстановленном АКБ. На мой взгляд, если Вы непродолжительное время эксплуатировали систему даже с нестандартными установками контроллера, то за несколько циклов заряда / разряда АКБ не должен был убиться.
 

Изначально были стандартные, для гелевых аккумуляторов.

В документации перевод корявый, пока поймешь что какой параметр значит, можно голову сломать. Тем более когда с электрикой особо не сталкиваешься.

Я потом выставил предельное напряжение заряда 14,6 вольт, в соответствии с маркировкой аккумулятора, но я так понимаю, это напряжение, когда контроллер прекращает заряжать аккумулятор.

Я так понимаю, что Напряжение повышающегося заряда - это Boost charge,
Напряжение выравнивающего заряда - Floating charge?

Короче пока еще плаваю, по параметрам =)))

Если изначально стояли настройки для гелевого, то ничего плохого для AGM АКБ быть не могло. Теоретически мог быть небольшой недозаряд, но он возможен при любых настройках, при заряде от солнечных панелей. Зависит не столько от настроек, сколько от погоды :)

Напр. повышаюшего заряда - Boost Charging Voltage
Напр. плавающего (поддерживающего) заряда - Float Charging Voltage
Напр. выравнивающего заряда - Equalize Charging Voltage

У вас инструкция на каком языке, на русском? Родную на английском сможете прочитать или с русской сравнить, там таблица напряжений, если сравнить, то все понятно, даже без особых знаний языка. Скачать можно с сайта производителя:
http://www.epsolarpv.com/en/index.php/Technical/download

Вообще, рекомендовал бы просто установить стандартные настройки для AGM (Sealed) АКБ

 

Да я все посмотрел. Скорее всего лучше читать оригинал на английском. На русском не стоит, например, сразу после таблицы идет:

Требования для изменения пользовательских параметров:
а. Отключение по перенапряжению # Зарядка Предельное напряжение #
Выравнивающий заряд
Зарядное напряжение # Увеличить Зарядное напряжение # Плавающий заряд #
Повысьте зарядное напряжение.

И вот где в таблице есть Зарядное напряжение? Где повысьте зарядное напряжение? С Гугла видимо переводили. Только неразбериху перевод вносит.

А в таблице извините 12 параметров по напряжению и надо понять что каждый значит.

Так то примерно понял где что.

Кстати стандартных настроек для AGM (Sealed) АКБ в Tracer4210A нет, только Гелевые, Герметичные и Кислотные. Может герметичные это и есть AGM?

Да, в общем случае, имеются ввиду AGM. Вместе с тем стоит иметь ввиду, что разные производители АКБ могут приводить разные рекомендованные зарядные характеристики для конкретных моделей аккумуляторов. Но эти характеристики еще надо найти... Настройки "по умолчанию" - это некоторые усредненные значения для определенного типа АКБ.

К сожалению, это так. Если есть возможность, лучше оригинал. Хотя, строго говоря, возможно, что оригинал на китайском ))
В переведенных инструкциях могут быть как ошибки, так и использование не совсем устоявшейся терминологии. Например, наряжение повышающего заряда иногда называют напряжением насыщающего, плавающее - поддерживающее, т.е. иногда приходится определять по контексту или смыслу. 
Если остались вопросы по зарядным характеристикам, спрашивайте, если знаю - подскажу.